La crise sanitaire de la maladie COVID-19 est un enjeu environnemental

Stéphane Manet
10 min readSep 28, 2020

Cette année 2020 est une année extrêmement difficile pour tout le monde, que ce soit à Montrouge, en banlieue parisienne, dans le reste de la France et partout dans le monde. La crise de la COVID-19 a durablement impacté notre vision des risques épidémiques pour les années à venir.

J’ai voulu m’interroger sur les réponses appropriées pour limiter les prochaines crises et en particulier les réponses de long terme. Bien que les réponses de long terme paraissent moins urgentes, elles sont aussi celles qui mettent le plus de temps à se mettre en place. Je vais tâcher de défendre la thèse que, parmi les réponses sanitaires à apporter, il existe une réponse de long cours, environnementale, une réflexion à porter sur notre mode de consommation et notre rapport au vivant pour limiter les crises à venir. N’étant pas moi-même épidémiologiste, j’ai pris soin de m’appuyer sur des travaux faisant consensus et de fournir toutes les références à la fin de l’article.

Dans un premier temps, nous aborderons une brève histoire des pandémies dans le monde et de leur similitude, puis nous regarderons comment, malgré les progrès médicaux du XXe siècle, il existe une accélération des maladies infectieuses émergentes et des propagations de plus en plus larges, puis nous essayerons d’en tirer une conclusion ouvrant la voie vers des solutions durables et réalisables.

L’histoire de l’humanité est traversée par de grandes épidémies. Les premières connues remontent au paléolithique.

Il existe en une en particulier qui a durablement marqué les esprits et notre rapport à la maladie. Au début du XIVe siècle, les rongeurs des régions chinoises se sont progressivement mêlés aux zones urbaines. Ils étaient porteurs de puces, elles-mêmes porteuses de la bactérie Yersinia Pestis, la Peste Noire. La route de la soie et le transport de marchandises entre l’Europe et l’Asie ont largement contribué à la diffusion du pathogène (Sénat, 2020). La pandémie s’est propagée rapidement et durablement en Europe, en Afrique du Nord et en Asie et a provoqué la mort de 30% à 50% de la population.

Après le premier épisode de peste, le pathogène a pu s’installer sur des espèces réservoir endémiques d’Europe et des résurgences sont régulièrement réapparues pendant un demi-millénaire, jusqu’au XVIIIe siècle.

Des épisodes comparables se sont régulièrement fait connaitre aux cours des siècles avec une relation étroite entre pandémies et routes commerciales : par exemple la variole qui traversa L’Atlantique par les routes maritimes et décima entre 50 et 80% des natifs américains entre 1780 et 1782 (ibid.).

De même, le cholera au XIXe siècle parti du delta du Gange avant de toucher les grandes métropoles européennes et même New York (ibid.).

Retracer l’émergence de ces maladies à partir d’une espèce réservoir est fréquent. Entre 1940 et 2004, 335 maladies infectieuses ont été découvertes, dont 60 % sont des « zoonoses », les maladies émergentes d’origines animales et 72 % d’entre elles viennent de faune sauvage (Jones, et al., 2008).

Ainsi, un schéma typique semble se répéter : une espèce réservoir possède un pathogène qui n’est pas forcément dangereux pour l’hôte mais dont la proximité avec l’Homme accentue les risques de transmission. La maladie se propage à travers les routes commerciales et dans les zones de densification urbaine importantes (la Grande Peste de Londres en 1665, la Peste de Marseille en 1720…). La Grippe Espagnole, qui est une forme de grippe aviaire, s’inscrit dans ce schéma avec la particularité que ce sont les conflits armés (et les mouvements de troupes) du début du XXe siècle qui ont davantage participé à la propagation.

“‘La peste d’Asdod’, Nicolas Poussin, 1631. Musée du Louvre.”
“‘La peste d’Asdod’, Nicolas Poussin, 1631. Musée du Louvre.” par Lejeune Grégory, oeuvre du domaine public CC0 1.0

Au XXe siècle, le développement des connaissance médicales, initié précédemment par la découverte de la pasteurisation et des vaccins, ainsi que celle des antibiotiques ont amené les scientifiques à envisager que le contrôle de ces maladies relevait d’un problème de mesure d’hygiène et de développement de traitements.

Pourtant, lorsque l’on observe les principales zoonoses depuis 1900 on constate que bien que le nombre de morts diminue, paradoxalement, la récurrence des maladies infectieuses augmente (Institute of Medicine, 2015).

La grippe asiatique de 1956 à 1958 (grippe A, H2N2) aurait tué 2 millions de personnes selon l’OMS pour revenir en 1968 (dite « grippe de Hong Kong ») par recombinaison virale (H3N2) et faire 1 million de mort.

À partir des années 80, l’émergence de l’épidémie du VIH et l’avènement des résistances importantes aux antibiotiques ont requestionné cette pensée, et les scientifiques ont finalement envisagé que la question serait plus complexe : que la médicamentation seule ne suffisait pas pour en finir avec les maladies infectieuses, virales ou parasitaires.

Le Nipah, en Malaisie, en 1998, le SARS en 2002, le Chikungunya entre 2004 et 2006 à la Réunion, le H1N1 en 2009, le MERS en 2012 au Moyen-Orient, Ébola en 2014 en Afrique de l’Ouest. Et bien-sûr SARS-CoV-2 depuis décembre 2019 en Chine et début 2020 dans le reste du monde, et dont la pandémie n’est toujours pas passée au moment où j’écris ces lignes.

On constate une accélération des émergences des maladies infectieuses, dont certaines citées ont été pandémiques et dont on pourrait penser que les progrès médicinaux rendraient cette accélération paradoxale.

Mais alors, comment expliquer que le nombre de maladies infectieuses a explosé tout au long du XXème siècle alors même que les progrès médicaux ont permis de se prémunir de la plupart d’entre elles ?

Pour essayer de comprendre, on peut revenir sur les pandémies historiques abordées en introduction.

De 1347 à 1351, la peste a envahi l’Europe à partir de rongeurs d’Asie centrale dont les puces ont transmis le pathogène le long des routes de la soie.

Nous avons également abordé la variole qui a traversé l’Atlantique de l’Europe vers l’Amérique (1780–82) ou encore le choléra, partis du delta du Gange en Inde et qui, de 1817 à 1823, s’est propagé jusqu’à Paris, Londres, et même en Amérique.

La propagation des pandémies est corrélée avec la mondialisation et les trajets commerciaux de l’homme. La compréhension des maladies infectieuses et leur propagation revêt autant d’une compréhension biologique que sociologique du phénomène.

Mais les déplacements de personnes et de biens, qui peuvent expliquer la propagation des maladies, ne suffisent pas encore à expliquer la multiplication de leurs émergences.

Le risque de départ de ces maladies provient des régions ayant des forêts tropicales, une haute richesse d’espèces de mammifères et des variables en lien avec le changement des terres vers l’agriculture (Allen, 2017).

Pour décortiquer le processus d’émergence de ces pathogènes zoonotiques (bactéries et virus), il y a dans le monde microbien, autour de nous, des bactéries qui font partie des écosystèmes et dont une partie est pathogène et une partie ne l’est pas (Kreuder et al., 2015).

Dennis Carroll, chercheur en biologie médicale, et ses associés ont essayés de regarder le nombre de virus encore inconnus (Dennis Carroll, 2018) que l’on a dans certains groupes d’animaux, en particulier les mammifères et les oiseaux, et ils estiment ce nombre à 1,7 million. Évidemment, tous ces virus ne sont pas pathogènes pour l’homme mais cela montre que dans la diversité naturelle il y a aussi la diversité microbienne et que l’on en est entouré.

Il faut toutefois nuancer cette corrélation qui associe diversité animale avec diversité microbienne, car on pourrait croire, trop hâtivement, que cela signifie que plus il y a d’animaux, plus il y a de maladies. D’un certain point de vue c’est vrai mais puisque nous avons dit qu’un grand nombre d’entre elles sont inoffensive et que la diversité animale tend à se réduire, elle ne suffit pas à expliquer l’accélération des propagations.

Il a été constaté que les animaux domestiqué les premiers ont le plus de pathogènes partagés (notamment le chien).

Le risque de transfert d’un agent pathogène entre l’animal et l’homme est plus important quand la distance phylogénétique est faible, c’est-à-dire quand l’animal et l’homme sont proches dans le processus d’évolution (Kreuder Johnson, Hitchens, & Smiley Evans, 2015).

Dans les élevages intensifs, dans lesquels la population animale est génétiquement peu diverses, a une densité très forte, et où les animaux sont stressés, les agents pathogènes mutent plus facilement et se propage très rapidement.

Ainsi, bien qu’une plus grande diversité animale implique une plus grande diversité microbienne, le manque de diversité animale quant à lui implique davantage de mutation du microbe, une propagation plus rapide et donc potentiellement plus dangereuse des pathogènes.

Depuis le néolithique, le poids relatif de la faune sauvage est passé de 99% à 1%. S’agissant du contact animal et homme, le poids des vertébrés sur la planète terre est porté à 32% d’humains — 1% de faune sauvage, donc — et le reste, 67 %, de bétail. La pression anthropique exercée sur le reste du règne animal et provoquant la sixième extinction de masse de la planète participe largement à la propagation des maladies infectieuses. Le virus Nipah de 1998, en Malaisie, que nous avons évoqué précédemment, venait à l’origine d’une chauve-souris mais a été contrôlé suite à l’abattage d’1 million de porcs qui propagèrent largement le virus.

La réduction des habitats de la faune sauvage augmente les contacts entre les humains et les animaux. Ébola, par exemple, est plus fréquemment localisé dans les zones ayant subit une déforestation récente.

Pour finir, Il faut tout prendre en compte des propriétés intrinsèques des agents pathogènes, que nous ne développerons pas ici car il relève d’une trop grande technicité mais qui sont à garder à l’esprit. Par exemple, les virus qui rentrent dans la cellule mais qui n’ont pas besoin de rentrer dans le noyau pour se multiplier peuvent plus facilement s’adapter à plusieurs espèces. Enfin, il faut considérer la vulnérabilité de certaines populations humaines par rapport à d’autres, notamment en Afrique ou en Asie influe sur les risques de propagations.

En conclusion, l’augmentation des apparitions de maladies infectieuses, en dépit des progrès de la médecine du XIXe et XXe siècle, est à mettre en lien avec l’activité humaine et son impact sur la nature.

Les pressions anthropiques sur les habitats de la faune sauvage augmentent les risques de contacts, la production intensive de bétail augmentent les risques de mutation, et enfin le commerce mondialisé augmente les risques de propagation. D’une manière générale, ces phénomènes ont tous un impact les uns sur les autres : extinction de masse des espèces, dérèglement climatique… mais ils participent également, chacun à leur mesure, à l’accroissement de l’émergence de zoonoses et de risques pandémiques.

Les maladies infectieuses apparaissent comme une urgence dont la dernière COVID a été le révélateur universel mais révélant un problème plus profond, et plus ancré dans le mode de vie de l’humanité.

Pour agir, de profondes réformes de nos institutions devront permettre d’améliorer nos réponses aux émergences, par une surveillance plus fine des signaux faibles, des alertes précoces, et une meilleure coopération entre les scientifiques, les acteurs sanitaires et les pouvoirs publics.

Mais au-delà de cela, c’est notre relation avec le vivant, à une échelle mondiale, qui est à remettre en cause.

Premièrement, s’agissant des relations avec la faune sauvage, les contacts directs et trop fréquents comme la commercialisation devraient être beaucoup plus strictement régulé. En particulier le trafic d’animaux sauvages. Sur les marchés tels que celui de Wuhan d’où serait partie la crise de la COVID-19, se croisent des animaux qui ne se croiseraient pas dans le milieu sauvage. Des animaux tels que la chauve-souris (ou tout autres espèces réservoir) peuvent alors diffuser leurs agents pathogènes à des animaux domestiques avant la propagation sur l’homme.

Deuxièmement, notre relation avec la faune domestique a besoin d’évoluer également. Nous consommons trop de viande et nous la déplaçons trop pour la consommer. Sans se priver de viande, en diminuer la consommation diminuerait également les risques de cancers, d’obésité, et participerait à la réduction de l’empreinte de l’homme sur la nature. 70 % des terres agricoles sont utilisées pour nourrir le bétail, participant encore à la réduction des espaces sauvages.

Et pour finir, privilégier l’agriculture locale permet une résilience beaucoup plus forte face aux crises sanitaires, c’est notamment l’exemple que nous donne la crise du virus Nipah, ou la grippe aviaire de 2014 qui ont conduit à l’abattage de millions d’animaux à chaque fois.

Survenues brusquement, les maladies infectieuses sont d’autres conséquences, parmi le réchauffement climatique et l’extinction massive des espèces, de l’action de l’Homme sur le reste de la nature et nous rappellent avec violence l’urgence de la prise en compte de l’environnement dans les décisions.

Cet article est dédié à l’effort héroïque du personnel soignant lors du confinement et de toutes les personnes en premières lignes durant cette période.

Travaux cités

Les articles et parutions sur lesquelles je me suis appuyé pour travailler :

Allen, T. M.-T. (2017). Global hotspots and correlates of emerging zoonotic diseases. Nat Commun , 8(1124).

Dennis Carroll, P. D.-M. (2018). The Global Virome Project. Science, 358(6378), 872–874.

Institute of Medicine. (2015). Emerging Viral Diseases: The One Health Connection: Workshop Summary. Washington (DC): National Academies Press.

Jones, K. E., Patel, N. G., Levy, M. A., Storeygard, A., Balk, D., Gittleman, J. L., & Daszak, P. (2008). Global trends in emerging infectious diseases. Nature, 451, 990–993.

Kreuder Johnson, C., Hitchens, P., & Smiley Evans, T. (2015). Spillover and pandemic properties of zoonotic viruses with high host plasticity. Sci Rep, 5(14830).

Sénat. (2020). Les nouvelles menaces des maladies infectieuses émergentes. Paris.

Prolonger la lecture

Quelques lectures qui m’ont inspiré, pour prolonger la mienne :

France Culture : Didier Sicard : “Il est urgent d’enquêter sur l’origine animale de l’épidémie de Covid-19”

Courrier International : Dennis Carroll, biologiste : “L’épidémie actuelle était prévisible”

Visualizing the History of Pandemics

Welcome to the Anthropocene (à propos de l’extinction de masse)

Et, pour finir, les informations sur la Covid-19 peuvent venir de toute part sur internet et d’une grande variété de sources, il convient donc de rester vigilant et de s’actualiser sur le site : Informations Coronavirus du gouvernement.

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